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哺乳動物CRISPR(單gRNA)表達質粒載體

概述

CRISPR/Cas9(規律成(chéng)簇的間隔短回文重複序列及相關蛋事可白9)核酸酶表達載體屬于幾種(zhǒng)新興的基因組編空農輯工具之一(另外兩(liǎng)種(zhǒng)是ZFN和TAL年為EN),可在基因組的靶位點快速街喝有效地産生突變。這(zhè)些質粒在拍載體編碼的特異性RNA,能(néng)夠引導DNA核酸酶(或缺刻酶)編輯基花道因組中特定位點的DNA序列。

Cas9是RNA引導DNA核酸酶,是天然原核免疫系統的一部分,賦予細菌産生對(物知duì)質粒和噬菌體等外源遺傳物質的抵抗能(néng)力。在細胞内,C房們as9核酸酶與引導RNA(gR我訊NA)形成(chéng)複合物,該複合物哥去通過(guò)與基因組中的18-22 nt的同源靶序列直聽技接相互作用,gRNA與靶位點通過(guò)互補配對(duì)使Cas9定位到劇時靶序列上,然後(hòu)切割基為放因組中的靶位點。爲了方便使用,我們設計的C歌草RISPR/Cas9載體能(néng)夠在一個載體上同時(shí)有效表達店農Cas9核酸酶(或缺刻酶)和引導RNA(gRNA)。

我們的CRISPR/Cas9表達載地熱體中有兩(liǎng)種(zhǒng)Cas9核酸酶供選擇,作銀一種(zhǒng)是标準的人源化Cas9(hCas9),能美對(néng)夠有效地在靶位點産生雙鏈斷裂(DSBs);歌自另一種(zhǒng)是“缺刻酶”(Cas9_D10A),僅在線妹DNA中産生單鏈切割。如果將(jiāng)你快Cas9_D10A缺刻酶與靶向(x農頻iàng)兩(liǎng)條互補鏈的放路兩(liǎng)個gRNA一起(qǐ)使用,缺刻酶會(huì)在劇愛兩(liǎng)條鏈上産生單鏈切割,從而導緻靶位點處産生DSB。票員這(zhè)種(zhǒng)方法通常會(huì)減少CRISPR/Cas9脫不這靶效應,因爲它需要兩(liǎng)個g也通RNA同時(shí)靶向(xiàng)靶位點。

細胞通過(guò)非同源末端連接途徑日器(NHEJ)修複通常會(huì)産生小的片段或堿基缺失,插入和堿基要遠置換等突變。當這(zhè)些突變破裡自壞蛋白質編碼區(例如引起(qǐ)移碼缺失)時(shí),會(h空海uì)引起(qǐ)功能(néng)性基因敲除。在少數情況男通下,CRISPR/Cas9載體和外源供體DNA模闆共同導入細胞時(做森shí),細胞會(huì)通過(guò)同源性修複(HDR)機制來修複DSB照電,靶基因DNA序列會(huì)被(bèi)模闆序列取代,堿基發(fā)生改變少銀,如點突變等。缺刻基因組DNA也會(huì)經(jīng)常發(fā)生月和同源修複(HDR),如將(jiāng)外源模闆DNA與Ca兒草s9_D10A缺刻酶一起(qǐ)導入細胞中,有可能長我(néng)産生堿基改變。

利用CRISPR/Cas9系統可以有效靶向(校間xiàng)大部分DNA序列,而NGG(有時(shí)是NAG)是跳照必須的。NGG叫(jiào)做前間區序列鄰近基序(PAM),位于北間靶DNA,gRNA識别序列的3'末端。

關于該載體系統的更多信息,請參考以下文獻。

參考文獻主題
Science 339:819-23 (2013)Description of genome editing u鄉這sing the CRISPR/Cas9 system
Cell. 154:1380–9 (2現從013)Use of Cas9 D10算動A double nicking視綠 for increased specificity
Nat. Biotech. 31習媽:827–832 (2013)Specificity of R信雜NA-guided Cas9 nu微友cleases

亮點

我們的CRISPR/Cas9表達載體可以用于快速高效靶向(xiàng)細胞通人基因組,并在靶位點并産生堿基缺失等突變。爲了在特定的靶位點引入突變船信,需要與靶DNA序列匹配的gRNA序道科列以及核酸酶hCas9(産生DSB)或其變體Cas9_D10A缺刻酶(單鏈件弟切割)。

試驗驗證

圖1 all-in-one CR時得ISPR系統介導的基因編輯。(A)向(x化訊iàng)穩定表達EGFP的HEK293科好T細胞(HEK293T-EGFP)轉染表達Cas9:T2A:mCherr頻讀y的常規質粒和靶向(xiàng)EGFP的scra老音mble gRNA。轉染後(hòu)72小時(shí),流式細胞術檢匠算測EGFP表達水平。MFI表示熒光強度中值。(B)顯微鏡(100x)觀察資從EGFP和mCherry表達。(C)轉染all-in-one冷從 CRISPR載體的細胞對(duì)比無轉染細胞中的相對(duì)EGFP線街表達。相對(duì)EGFP表達量用煙輛以下公式計算:[MFI (experimental group內妹) – MFI (WT HEK2答湖93T cells)] / [MFI (HEK2地行93T-EGFP cells) – M見件FI (WT HEK293T cells)]。Mean&plu地那smn;SD,ns P>0.05,ANO畫討VA以及Tukey事(shì)後(hòu)檢驗。(D)友坐gRNA靶向(xiàng)的基因組DNA區域使用PCR進學們(jìn)行擴增,基因編輯效果使用T7林個E1試驗确認。

優勢

瞬時(shí)表達:轉染CRISPR/Cas9質粒載體後(hòu),Cas雨農9蛋白和gRNA會(huì)在靶細胞中新不大量瞬時(shí)表達。如果沒(méi)有藥師技物篩選,質粒會(huì)随著(zhe)時(shí)熱公間流逝而丢失,在基因組編輯發(fā)間市生後(hòu),靶細胞中的Cas9和gRN廠會A也會(huì)逐漸消失。

簡單易懂:gRNA和靶位點之間的簡單同源關系使得CRISPR/C事就as9系統簡單且易于設計。

不足之處

具有脫靶效應:已有文獻報道(dào)CRISPR/Cas9坐電具有脫靶效應,通常TALEN系統比CRISPR城熱/Cas9具有更低的脫靶活性。通過(guò)將(jiān間機g)Cas9_D10A缺刻酶與兩(liǎng)種(zhǒn相內g)gRNA結合使用(如上所述),可以顯著減輕脫靶效應。

PAM要求:CRISPR/Cas9靶位點必術科須包含NGG序列(使用較多),也叫會西(jiào)做PAM序列,位于gRNA識别序列3'那訊末端。

載體關鍵元件
Single-gRNA CRISP慢歌R regular plasmid vector

U6 Promoter: 你熱This drives high level express章姐ion of the gRNA. 木水This is the promoter of th愛物e human U6 snRNA gene, an 白歌RNA polymerase I腦暗II promoter which efficiently express嗎雪es short RNAs.

gRNA: Guide RNA compatible wi睡火th Cas9 derived from Streptoco都窗ccus pyogenes.

Terminator: Terminates transcription of the gRNA.還間

CBh promoter: Chicken beta-acti哥短n promoter. Drives expression 的話of the downstream Cas9 nuclease.

Cas protein: Cas9 nuclease variant chosen b會暗y user.

BGH pA: Bovine growth hormone po地影lyadenylation sig舊我nal. It facilitates transcriptional日從 termination of 他什the upstream ORF.

CMV promoter: Human cytomegalovirus i理空mmediate early pr呢高omoter. It drives the ubiq技微uitous expression of the downst市子ream marker gene.

SV40 late pA: Simian virus 40 late polya答街denylation signal. It f喝討acilitates transcriptional紙靜 termination of the upstream ORF.

Ampicillin: Ampicillin resistance短議 gene. It allows th很美e plasmid to be maint志務ained by ampicillin s湖子election in E. coli.

pUC ori: pUC origin of repl長機ication. Plasmids carrying thi內很s origin exist in high copy nu人民mbers in E. coli.

Dual-gRNA CRISP日報R regular plasmid vector

U6 Promoter: This drives high level expression of th美窗e gRNA. This is the promoter of低兵 the human U6 snRNA gene, an RNA polym司拿erase III promoter which eff用又iciently expresses short RNAs.

gRNA #1: The first 很得guide RNA compat費樂ible with Cas9 deriv個區ed from Strept中劇ococcus pyog數行enes.

gRNA #2: The second guide RNA compati開明ble with Cas9 derived黑高 from Streptoc話林occus pyogenes.海笑

Terminator: 市劇Terminates transcription of the費朋 gRNA.

CBh promoter: 水學;Chicken beta-actin pro相有moter. Drives expression of the d分我ownstream Cas9 nuclease.

Cas protein: Cas9 nuclease vari數線ant chosen by user.

BGH pA: Bovine growth hormone poly視水adenylation signal. It facilitates tra話什nscriptional terminat上腦ion of the upstream ORF.

CMV promoter: Human cytomegalovirus immedia日吧te early promoter. It 得城drives the ubiqu暗少itous expression of the downs相志tream marker gene.

SV40 late pA:&n什農bsp;Simian virus 40 late polyaden空東ylation signal. It facilitates trans高要criptional terminat農影ion of the upstream OR區廠F.

Ampicillin: Ampicillin resistance gene. It allo可關ws the plasmid to be maintained by amp森文icillin selection in E. coli.河相

pUC ori: pUC origin of replic新但ation. Plasmids carry算黃ing this origin exist in high copy nu數村mbers in E. coli.