雲舟生物提供高質量的針對(duì)人和業月小鼠基因的shRNA慢病毒文庫産品（錢外shRNA lentivirus libra裡讀ry）。對(duì)于每個物種(zhǒng)，我們提供了兩(li黑快ǎng)種(zhǒng)規格的慢病毒shRNA文庫産品刀我：全基因組大庫（針對(duì)約19,000個RefSe錯習q基因）和精華基因小庫（針對(duì)PubMed Centr很員al上約2,000個最常被(bèi)引用的基因），每個基因對(d拿算uì)應5-6個不同的shRNA。我們的也為shRNA文庫已通過(guò)了NGS測序和功能(néng)驗證。
| 産品名稱 | 基因數量（個） | shRNA數量（條） | 規格* | 貨号 | 價格（CNY） | |
| 人類精華基因shRNA文庫 | 2,161 | 12,471 | 标準規格 (>1.0x108 TU/ml, 1 ml) | LVM(Lib190505-1037bjk) | ￥13,980 | |
| 小鼠精華基因shRNA文庫 | 2,233 | 12,472 | 标準規格 (>1.0x108 TU/ml, 1 ml) | LVM(Lib190505-1039sgb) | ￥13,980 | |
| 人類全基因組shRNA文庫 | 20,593 | 105,233 | 标準規格 (>1.0x108 TU/ml, 1 ml) | LVM(Lib230926-1079mym化和) | ￥13,980 | |
| 大規格 (>1.0x108 TU/ml, 5 ml) | LV5M(Lib230926-1079mym) | ￥17,480 | ||||
| 小鼠全基因組shRNA文庫 | 22,023 | 105,170 | 标準規格 (>1.0x108 TU/ml, 1 ml) | LVM(Lib230926-1080rpt) | ￥13,980 | |
| 大規格 (>1.0x108 TU/ml, 5 ml) | LV5M(Lib230926-1080rpt) | ￥17,480 |
功能(néng)篩選樣(yàng)品的下遊服務
靶向(xiàng)性廣和序列多樣(yàng)：針對(duì)人和小鼠，我們提供麗海了兩(liǎng)種(zhǒng)規格的慢病毒shRNA文庫現校産品：全基因組大庫（針對(duì)約19,000雜些個RefSeq基因）和精華基因小庫（針對(d廠外uì)PubMed Central上約2,000個最常被(bèi)引用的現你基因），每個基因對(duì)應服作5-6個不同的shRNA。shRNA靶點的設計規則參考RNAi con日技sortium (TRC)，篩選出來的shRNA都(dōu)具有放民較高的幹擾分值，使得幹擾效果更可靠，篩選效果更明顯。
高度均一性： 通過(guò)NGS驗證表明，精華庫覆蓋了10體家0％的shRNA，全基因組庫覆蓋了97％的shR見問NA，每個shRNA出現的頻率較均一（見圖1）。
圖1 shRNA在不同質粒DNA文庫的均一性。shRNA讀長(chá化南ng)分布按NGS文庫大小（100了通0萬reads）标準化，并以log2比例繪制。
慢病毒shRNA文庫介導的基因篩選常規流樂作程如下圖4所示。首先，利用慢病毒shRNA文庫司國轉導靶細胞，并通過(guò)慢病毒載體上攜帶的聽是篩選标記（例如藥物選擇或熒光标記）近兒來篩選成(chéng)功轉導的陽性細胞。將(jiāng)陽性細胞笑河分爲對(duì)照組和實驗組，對(duì)實驗組進(jìn)行金校壓力選擇（如藥物處理或重複傳代），篩選出具有目的表刀少型的細胞。基因功能(néng)篩選策略通常有三種綠制(zhǒng)類型：1）活力篩選，篩選出shRNA富集或銳減的活細胞;習如 2）報告基因篩選，篩選出報告基事關因的表達強度與shRNA的富集有關的細胞（如靶書河向(xiàng)調節報道(dào)基因表達shRNA習銀）；3）行爲篩選，篩選出shRN也照A與細胞侵襲、遷移等基因相關的細胞。相對(duì)于對(duì)照組，實驗組跳吧細胞篩選完成(chéng)後(hòu)，通過(g村謝uò)sanger測序或NGS測序鑒定出富集或銳減的那媽shRNA。通過(guò)下遊功能(néng跳短)研究，進(jìn)一步分析富集或消減的shRNA可能(néng)靶向(xià動算ng)的候選基因。
圖4 慢病毒shRNA文庫介導的功能(néng)缺失篩選流程圖，摘自Acta Bi視水ochim Biophys Sin事員 44：103-112 (2012)
| 陣列篩選 | 文庫篩選 | |
| 如何將(jiāng)shRNA導入靶細胞空行？ | 將(jiāng)不同的單個shRNA分别應用于多孔闆（例如96孔或38筆離4孔）生長(cháng)的細胞 | 數以千計不同的shRNA同時(s飛些hí)應用于一個細胞群體 |
| 如何鑒定與特定表型相關的shRNA？ | 應用于單孔的shRNA序列是已知的；需要逐理機一仔細篩查表現出特定表型的細胞或孔 | 從細胞集群中篩選出特定表型的細胞；需要通過(g兒什uò)測序鑒定出細胞中富集或銳減的shRNA序列 |
| 是否能(néng)檢測遺傳交互？ | 不能(néng)或者有限制（隻有單個或幾個shRNA添加到每說拿個孔中） | 可以（細胞可能(néng)攜帶多個随機整合的s那業hRNA） |
| 技術要求 | 高 | 低 |
| 人工試劑成(chéng)本 | 高 | 低 |
| 特殊設備要求 | 高（例如液體處理器，高通量成(chéng)像儀等） | 低（傳統台式設備即可） |
我們設計和評估shRNA的規則與RNAi cons樹謝ortium（TRC）使用的規則類似。對(duì)北兵于每個RefSeq轉錄本，我們會(huì)搜索出所有的跳微21 mers作爲候選靶位點。以下因素會(hu老亮ì)降低幹擾效率/特異性或影響克隆湖區，含有這(zhè)些特點的序列將(jiāng)會(huì)被(bèi)排除。主懂現要因素包括：含有≥4個連續相同堿基，含有≥7個G或C，GC含量<可月25％或> 60％以及序列些訊的5'端含有AA堿基。如果靶點内部含有莖環結構，或是3'末端的GC含量較站畫高，或是該靶點是已知的miRNA核心序列鄉我或是會(huì)打靶到其他基因，則該靶點的分值就(jiù)會(huì)近件較低。若靶位點存在于一個基因的多個轉錄本，則該靶點的討呢分值就(jiù)會(huì)較高。
所有的幹擾分值均≥0，平均數約爲5，标準差約爲5，95%的分值均≤15。若妹子一個shRNA的幹擾分值是15，則表示具有很高幹擾效率且易于克隆；若幹擾相低分值爲0，則表示幹擾效果較差或難以克隆。
請注意幹擾分值隻是一個參考值。實公火際的幹擾效果可能(néng)會(huì)與預測的分值有偏差，低分值的shRN老生A也可能(néng)産生較好(hǎo)的幹擾效果。同時(s街東hí)，靶向(xiàng)轉錄本的 3’ UTR也可以起費書(qǐ)到幹擾作用。
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