如何計算shRNA幹擾分值？

VectorBuilder設計對著和評估shRNA的規則與RNAi consortium（TRC）使用的規則類似。對(duì)于每個RefSeq轉錄本，我子聽們會(huì)搜索出所有的21 mers作爲候選美懂靶位點。以下因素會(huì)降低幹擾效率/特異性或影響克間喝隆，含有這(zhè)些特點的序金吧列將(jiāng)會(huì)被(bèi)排除。主要因素包括：含有≥湖日4個連續相同堿基，含有≥7個G或C，GC含量<25％或> 60雜為％以及序列的5'端含有AA堿基。如果靶點内部含有請就莖環結構，或是3'末端的GC含量較高，或是該靶點是已知的miRN冷船A核心序列或是會(huì)打靶到其他基因，則該靶點的分值就(嗎我jiù)會(huì)較低。若靶知讀位點存在于一個基因的多個轉錄本，則該靶點的分哥西值就(jiù)會(huì)較高。

所有的幹擾分值均≥0，平均數約爲5，标準差約爲5，95%的分值均≤1信腦5。若一個shRNA的幹擾分值是15大懂，則表示具有很高幹擾效率且易于對中克隆；若幹擾分值爲0，則表示幹擾效果較差得熱或難以克隆。

請注意幹擾分值隻是一個參考值。實際的幹擾效果可能(néng)會(huì)與預信可測的分值有偏差，低分值的shRNA也可能(néng)産生較好(hǎo)的幹擾離間效果。同時(shí)，靶向(xiàng)轉錄空弟本的 3’ UTR也可以起(qǐ)到幹擾作用。