雲舟生物的高質量定制RNAi敲低文庫子冷可爲大規模功能(néng)缺失篩選提供高效且經(jīng)濟的解決方對科案。shRNA文庫可以以E. coli菌株、DNA或者病毒的形式交付。我們定藍腦制的文庫都(dōu)會(huì)進(jìn風習)行NGS測序驗證以确定文庫的質量民見。
亮點
表 1. 文庫構建服務價格與周期
| 服務 | 簡述 | 價格（CNY） | 周期 |
|---|---|---|---|
| 設計文庫構建策略 | shRNA載體骨架設計、shRNA序列設計 | 免費 | 1-4 天 |
| 文庫質粒克隆（包括oligo合成(chéng)和NGS驗證）理從 | 見表 2。 | ||
| 文庫的病毒包裝 | 點擊此處了解更多病毒包裝服務信息。文庫質粒的病毒病毒包裝價格是常音道規單質粒載體包裝的1.5倍。 | ||
| 功能(néng)篩選樣(yàng)品的NGS測序分析 | 包括細胞樣(yàng)品基因組的NGS文庫制風窗備、llumina測序（> 500x覆蓋率）和數據分析。 | ￥ 2,240/樣(yàng)本 | 3-5 周 |
表 2. 文庫複雜度與文庫載體克隆價格
| 文庫複雜度 | 價格（CNY） | 周期 |
|---|---|---|
| 0 ~ 5x103 | ￥ 16,100起(qǐ) | 5-8 周 |
| 5x103 ~ 104 | ￥ 31,500起(qǐ) | |
| 104 ~ 5x104 | ￥ 38,500起(qǐ) | 6-10 周 |
| 5x104 ~ 105 | ￥ 52,500起(qǐ) | |
| >105 | 請咨詢 | |
shRNA具有其特有的莖環結構，在RNA幹擾（RNAi）過(gu購笑ò)程中發(fā)揮著(zhe看車)至關重要的作用，可精準降解mRNA些請。shRNA轉錄形成(chéng)發(fā)夾結構後(hòu)，可識别并降解靶線喝mRNA。shRNA文庫是大規模功能(néng)缺失篩選的強大工具。根據您的研吃刀究需求，雲舟生物提供多種(zhǒng)形式的shRN事分A文庫，包括E. coli菌株、質粒DNA和包裝好(開購hǎo)的病毒載體。這(zhè)些文庫都(dōu)會(huì)進(jìn)報對行NGS測序驗證以确定文庫的質量。
圖 1 雲舟生物shRNA敲低慢病毒載體
圖 2. 慢病毒shRNA文庫介導的功能(néng)缺失篩選流程圖，摘自Acta Bi購廠ochim Biophys Sin 44：103-1河飛12 (2012)
慢病毒shRNA文庫介導的基因篩選常規流程如圖2所示。首先，利用但海慢病毒shRNA文庫轉導靶細胞，并通過(guò)慢病月歌毒載體上攜帶的篩選标記（例如藥物選擇或熒光标記）腦報來篩選成(chéng)功轉導的陽性細胞。將(jiāng)陽性細胞分爲對(火她duì)照組和實驗組，對(du會鐘ì)實驗組進(jìn)行壓力選些員擇（如藥物處理或重複傳代），篩選出具有目的表型的細胞。基因功開高能(néng)篩選策略通常有三種(zhǒng)類型：1）活力篩選，篩事嗎選出shRNA富集或銳減的活細胞; 2）報告基因篩選，篩選出報告基因的表達人還強度與shRNA的富集有關的細胞（如靶向(姐子xiàng)調節報道(dào)基因表達shRNA）；3）行爲篩選，篩作行選出shRNA與細胞侵襲、遷移等基因相關的細胞新輛。相對(duì)于對(duì)照組，實驗組細胞篩選完成(ch是少éng)後(hòu)，通過(guò)sanger測序或NGS測序鑒定出人熱富集或銳減的shRNA。通過(筆歌guò)下遊功能(néng)研究，進(jìn)一步秒計分析富集或消減的shRNA可能(néng)靶向(xiàng)的候選基因。
圖3 shRNA均一性在人和小鼠精華基因小庫（針對(有些duì)PubMed Central上約2,000個最常被(bèi)引村路用的基因）中的分布。shRNA讀長(ch裡間áng)分布按NGS文庫大小（用兒1,000萬reads）标準化，并以log2比例繪制。NGS測序深度爲300有計x。
| 陣列篩選 | 文庫篩選 | |
| 如何將(jiāng)shRNA導入靶細胞？ | 將(jiāng)不同的單個shRN體放A分别應用于多孔闆（例如96孔或384頻術孔）生長(cháng)的細胞 | 數以千計不同的shRNA同時(shí)應用于一個細胞群體 |
| 如何鑒定與特定表型相關的shRNA？ | 應用于單孔的shRNA序列是已知的；需要逐一仔細篩查表現出特定表型的細胞或孔 | 從細胞集群中篩選出特定表型的細胞；需要通過(guò音訊)測序鑒定出細胞中富集或銳減的shRNA序列 |
| 是否能(néng)檢測遺傳交互？ | 不能(néng)或者有限制（隻有單個或幾個shRNA添加到每個孔中）兵購 | 可以（細胞可能(néng)攜帶多個随機整合的shRNA） |
| 技術要求 | 高 | 低 |
| 人工試劑成(chéng)本 | 高 | 低 |
| 特殊設備要求 | 高（例如液體處理器，高通量成(章愛chéng)像儀等） | 低（傳統台式設備即可） |
我們設計和評估shRNA的規則與RNAi consort近雪ium（TRC）使用的規則類似。刀但對(duì)于每個RefSeq轉錄本，我們會(huì)搜數光索出所有的21 mers作爲候選靶位點。以下因素會(huì坐月)降低幹擾效率/特異性或影響克隆，含動窗有這(zhè)些特點的序列將(jiāng)會(huì)被(bè吃對i)排除。主要因素包括：含有≥4個連續相同堿基，含有≥7匠書個G或C，GC含量<25％或&g說要t; 60％以及序列的5'端含有AA堿基。如果靶點内部含有莖環村白結構，或是3'末端的GC含量較高，或是該靶點懂近是已知的miRNA核心序列或是會(huì)打靶這舊到其他基因，則該靶點的分值就(jiù)會(huì靜房)較低。若靶位點存在于一個基因的多個轉錄本，則該靶點的分值就(jiù)會(h黃章uì)較高。
所有的幹擾分值均≥0，平均數約爲5，标準差約爲5生船，95%的分值均≤15。若一個shRN業員A的幹擾分值是15，則表示具有很高空雨幹擾效率且易于克隆；若幹擾分值爲0，則表示幹擾效果長煙較差或難以克隆。
請注意幹擾分值隻是一個參考值。實際的日是幹擾效果可能(néng)會(huì)與預測的分子器值有偏差，低分值的shRNA也可能(néng)産生較好(hǎo)的幹擾效果。同村舞時(shí)，靶向(xiàng)轉錄本的 3’ UT影玩R也可以起(qǐ)到幹擾作用。
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