VectorBuilder載體是如何命名的?

大多數情況下,載體中使用的元件名稱(例如啓動子和ORF請呢)都(dōu)是定義好(hǎo)的,而載體名稱則由各元件名稱組成(chéng訊農),具體命名規則如下:

載體元件命名規則(如啓動子、ORF和l村身inker)
  • VectorBuilder常用元件庫的元行還件:使用元件的常用名字,如CMV, EGFP, Neo

  • VectorBuilder基因庫中檢索的ORF:OR知年F命名由基因名稱和其後(hòu)面(miàn)跟著(zhe)風輛的括号中的RefSeq accessio如中n組成(chéng)(無RefSeq注釋的則使用Ge大草ne ID)。在基因名稱的前面(miàn)影和加上小寫字母的,則表示種(zhǒn事服g)屬的縮寫。具體命名規則如下:

    • 人(human)、小鼠(mouse)、大鼠(rat)區小分别對(duì)應縮寫字母“h”、“m”、“r”窗視
    • 其他常見種(zhǒng)屬則用兩(liǎng)個縮寫字母來表示,還電例如:貓(cat)、黑猩猩(chimpanzee)、狗(dog)明森分别對(duì)應“ct”、“ch”、“dg”。
    • 罕見種(zhǒng)屬則用學(xué)名的三個縮寫字母加下劃兵照線來表示。縮寫的首字母對(duì)應屬名的首字母,其他女店兩(liǎng)個字母對(duì)應種(zhǒng)名的前兩(li城鄉ǎng)個字母。例如:黑腹果蠅(但機Drosophila melanogaster)的縮寫是兵刀“dme_”。

    以NCBI RefSeq轉錄本庫的一個人類ORF命樹店名爲例:hRHO[NM_000539.3]
    以VectorBuilder ORF庫裡小厭(lǐ)的一個小鼠ORF命名爲例:mRh間慢o[ORF032112]
    以NCBI RefSeq轉錄本庫的服視一個黑腹果蠅ORF命名爲例:dme_w[NM_057439.2]美在
    以NCBI RefSeq轉錄本庫的一個E. 書他coli ORF命名爲例:&nb習街sp;eco_nhaA[944758]
  • 用戶提供序列的元件:序列命名後(山文hòu)才能(néng)把該序列添加到載體上,討機用戶提供的名字將(jiāng)顯示在大括号裡(l少放ǐ)。若用戶添加的序列跟VectorBuilder數據庫裡(lǐ)的某一個元西少件完全相同,則該序列的名字會(huì)自動變成(chéng)&資白nbsp;VectorBuilder元件庫裡(lǐ飛放)的名字。

    以用戶提供的元件命名爲例:{MyGene}

  • 用戶編輯後(hòu)的VectorBuilder ORF庫件一元件:當一個來自VectorBuilder數據庫的ORF被(bèi)用戶山什引入突變之後(hòu),會(huì)在原來的ORF名字上打上知開*的标記來表示引入了突變。用戶可以選擇繼續使用這(zhè)和人個名字,或者對(duì)它重命名。如果選擇重命名,則名字將(ji生說āng)顯示在大括号裡(lǐ)車分,表示此名字是由客戶命名的。請注意,用“添加标簽”功能(néng)添加到開(吧煙kāi)放閱讀框的蛋白标簽不視爲突變。

    以VectorBuilder數據庫裡(lǐ讀銀)一個經(jīng)過(guò)用戶編輯的O道知RF爲例:自動生成(chéng)名字是hRHO[NM_0窗男00539.3]* ,用戶重命名後(hò少黑u)變成(chéng){MyGene}

允許用戶重命名的規則

爲了确保名稱的一緻性,大多數情況下用戶不能森場(néng)改變自動生成(chéng)的元件名稱,但以下情況除外:

  • 由用戶提供序列的元件需要由用戶來水國命名,并打上大括号表示此元件是由用戶命名現飛的。
  • 當一個從VectorBuilder基因庫檢話場索出來的ORF被(bèi)引入突變後(hòu),&n作的bsp;該ORF名字上會(huì)被(bèi)自動打上*的标記。用戶可以關畫用這(zhè)個名字命名,也可以對(duì)名字跳河進(jìn)行修改。如果重命名,名南亮字將(jiāng)顯示在大括号裡(lǐ),表示此名字是由黃又用戶所命名的。
載體命名規則
  • 所有載體名稱都(dōu)以字母“p”開(kāi)頭;
  • “p”字母後(hòu)面(miàn)是載體骨架的縮寫吃購,以下是常用骨架的例子:
    RP: Regular plasmid,常規質粒載體
    LV: Lentivirus,答多慢病毒載體
    MMLV: MMLV retr開她ovirus,MMLV逆轉錄病毒載體
    AV: Adenovirus,腺病毒載體
    AAV: Adeno-associated v理拍irus,腺相關病毒載體
    PB: PiggyBac transposon妹兵,PiggyBac轉座子
    Tol2: Tol2 transposon,Tol2轉座子
    ET, BAD or CS:各種(zhǒng)細菌蛋白表達載體
    SC: Saccharomyces cerevisiae,釀酒東頻酵母蛋白表達載體
    BV: Baculovirus,昆蟲杆狀病毒蛋白表達載體
  • 在載體骨架縮寫後(hòu)的中括議化号裡(lǐ)添加其生物學(xué)應用的縮寫,以下是常用生物學(xu海高é)應用的例子: 
    Exp:基因過(guò)表達載體
    shRNA:幹擾載體
    gRNA:CRISPR系統所需的gR店場NA表達載體
    En:增強子活性測試載體

載體命名示例

載體名稱:pLV[Exp]-Hygro-CMV>FLAG/hRHO[NM_000539.3]*/10x白聽His:IRES:3xNLS/EGFP/HA

說(shuō)明:

LV:載體骨架是慢病毒載體

Exp:生物學(xué)應用是基因過(guò)表達

Hygro:抗性篩選标記是潮黴素B

CMV:驅動目的基因表達的啓動子是CMV

FLAG/hRHO[NM_000539.3]*/10x都兒His:IRES:3xNLS/EGFP/HA:目的基因是含有多個ORF的多順反子。第一個OR秒水F是hRHO[NM_000539.3],序列被(bèi離鐘)用戶編輯過(guò)(用*表示),其N端有FLAG蛋白标簽劇體,C端有10xHis标簽;後(hòu)面時裡(miàn)接著(zhe)的是IRES和第二短分個ORF,第二個ORF是 EGFP,其N端有麗通3xNLS标簽,C端有HA标簽。