雲舟生物的barcode文庫可幫助研師白究人員在實驗中對(duì)單分子或細北冷胞水平的變化進(jìn)行複合分析。Barc做服ode文庫可以以E. coli短內菌株、DNA或者病毒的形式交付。我們定制的文庫都(dōu)會(hu是理ì)進(jìn)行NGS測序驗證以外頻确定文庫的複雜度、均一性和無偏向(xiàng)性。
亮點
表1 文庫構建服務價格與周期
| 服務 | 簡述 | 價格（CNY） | 周期 |
|---|---|---|---|
| 文庫設計 | 設計barcode序列和載體骨架、制定ba男雪rcode合成(chéng)策略以及文庫克隆策略，使複習可雜度大于108，可穩定且高通量地應用于基因功能(néng)研究。 | 免費 | 1-4 天 |
| 文庫質粒克隆（包括oligo合成(chéng)和NGS驗證朋音） | 見表 2。 | ||
| 文庫的病毒包裝 | 點擊此處了解更多病毒包裝服務信息。文庫質粒的病毒病毒包喝書裝價格是常規單質粒載體包裝的1.5倍海劇。 | ||
| 功能(néng)篩選樣(yàng)品的NGS測序分析 | 包括細胞樣(yàng)品基因組的NGS文庫制備、llumina習錢測序（> 500x覆蓋率）和數據分析。 | ￥ 2,240/樣(yàng)本 | 3-5 周 |
表2 文庫複雜度與文庫載體克隆價格
| 文庫複雜度 | 價格（CNY） | 周期 | |
|---|---|---|---|
| <106 | 19,600起(qǐ) | 5-8 周 | |
| 106 ~ 107 | 28,000起(qǐ) | 5-8 周 | |
| 107 ~ 108 | 45,500起(qǐ) | 8-11 周 | |
| >108 | 請咨詢 | ||
使用核苷酸創建barcode 涉及爲不同的黃畫信息分配獨特的DNA序列。首先，可以使用一個短的核苷酸序列編碼基礎信息，吧街例如一個特定細胞的标識符。具體而言，“ATCG”可能(n錯師éng)代表細胞1，“TAGC”代表細胞2。随著(zhe)ba冷關rcode長(cháng)度的增加，編碼信息的複雜性和多樣醫匠(yàng)性會(huì)呈指數級增長(cháng)亮報。Barcode的長(cháng)度越長(chán是藍g)，可用的排列組合數量越多，其識别更多變體的舊草能(néng)力也越強。
Barcode 文庫的最大複雜度可以根據給定的一組核苷酸其生成(物又chéng)的排列組合數目計算。對(duì)于随機核苷酸的barcode ，生信每個位置可能(néng)有四種(zhǒng)結果：A、T、G或C。給定ba嗎就rcode長(cháng)度（N）的排列組合總數（複雜度）爲4N。例如：一個随機NNN barcod黑個e 有64種(zhǒng)（43）可能(néng)的組合。随著(zhe)b兵吃arcode長(cháng)度的增加，複雜度呈指數級增長(cháng)。這畫說(zhè)種(zhǒng)指數增長(cháng)彰讀見顯了barcode文庫可使用更長(cháng)的序列關訊來編碼信息的能(néng)力，因爲它允許barco也船de中擁有數量衆多的唯一标識符。海事
設計病毒載體中barcode的位置需要策略性的考量區北，以确保讀取計數的有效性以及與文庫克隆、篩選和去卷積分析過(guò)程的兼容性呢技。對(duì)于慢病毒載體，barcod船謝e應位于到病毒載體的整合區域中，确保它與相關說兒遺傳元件（如gRNA或可變區域）一起(刀上qǐ)穩定整合到宿主基因組中。如果將(jiān時黃g)barcode定位在轉錄區域哥身内，將(jiāng)可通過(guò)RNA轉錄物進(jìn)行barc為外ode讀取。爲了方便後(hòu)續分析，所選barcode序列應兼容PCR，人和以便有效且均勻地擴增。此外，bar男子code設計應适用于NGS，确保在測序過(g人身uò)程中可檢測和準确量化。理想情況下，barcode用嗎序列不應幹擾所研究的生物過(guò)程，以避北女免結果出現人工假象，但這(zhè)通常要腦上求充備的先驗知識以進(jìn)行判斷。
設計barcode還(hái)需要考慮所謂一對(duì)一視看或多對(duì)一策略。Barcode和可變區之間的一對(微紙duì)一關系意味著(zhe)單個barcode僅代表一個可變區，這(理時zhè)确保了barcode與其各自的可變區之間直接關聯。而在多亮大對(duì)一關系中，多個barcode可以代表相同的可變區雪黃。這(zhè)種(zhǒng)策章城略具有特别的優勢：首先，將(jiān頻雪g)表示相同可變區的多個barcode視爲重複樣(yàng)本，從而增強了陽性答拍結果的可統計性。這(zhè)種(zhǒng)統計數據量的提升有利個都于識别真正的陽性結果并將(ji商我āng)其與高通量實驗中産生的随機變化相區分。其次，爲同一可變區使用多個算暗barcode可以進(jìn)行克隆分析，這(zhè)對(會從duì)于研究異質性細胞群（如腫瘤細胞）也有短呢重要的價值。
爲了將(jiāng)DNA barcode遞送到細胞場紅中，研究人員可以使用病毒載體如慢病毒、AAV和逆轉錄病毒系統，或者非病老拿毒載體如piggyBac和Sleeping Be藍刀auty的轉座子系統。特别是在NGS分析時(sh外市í)，分離細胞的barcode需要确定使用RNA還(hái)是基因組DNA用在老作barcode讀取，而這(zhè)是由將(jiā行的ng)barcode引入細胞的基因遞送系統類型決定的校個。將(jiāng)barcode永久性用多地整合到細胞基因組中的系統有利于基因組DN錯紙A的分離。然而，這(zhè)還(hái)需要确保它們公購适合于PCR擴增并與NGS測序兼容。另一農長方面(miàn)，如果barcode作爲轉錄本的一部分表達，RNA則化自反映了barcode的讀取信号。在單細就又胞RNA測序實驗中，如Perturb-Seq內器和CROP-Seq，需要同時(shí)捕獲轉錄本和ba店冷rcode信息，RNA讀取對(duì)于實驗設計的兼容性至關重要。總而言之，紙那barcode讀取策略的選擇與ba南議rcode遞送系統的既定特征以及實驗目标是密切關聯的，而這(zhè)也印證了做東高度定制化的實驗方法對(duì)于相對(duì)獨特的研究的重要性。
圖1 一個N(21)barcode的核苷酸分布，使用簡并核苷酸策略顯示每個位置的A女答、C、G、T的百分比。該圖表明在所有位置的核苷酸比例分布相近。
Delivery system: Selection of an appropriate deli關匠very system, such as lentivirus, ret議美rovirus, AAV, or tra老謝nsposon systems, based on the targe一綠t cells and experimental requ了靜irements. Different s費刀ystems may affect the integr慢南ation and stability of barcodes in th視月e cellular genome.
Length of barcode: Determining the optimal 廠你length of the barcode i時雪s crucial. Considerations include水綠 the screening scale and th舊作e theoretical maximum com多這plexity of the b月姐arcode library. 睡懂Longer barcodes allow for hig街風her complexity but may pose ch吃作allenges in synt低放hesis and readout.
1-to-1 or multiple-to-1 corre媽相lation: Deciding whether each音多 barcode corresponds to a北分 single variable regi制煙on (1-to-1 correlation) or if 服能multiple barcodes can represent a呢錢 single variable region. This choi會子ce impacts the resolution, specificity,章風 and statistical power件河 of a given library in ca煙件pturing information.
Barcode sequence design: Choosing the bar照你code sequence design黃工 strategy, which may involve predesign文現ed sequences or r們來andom barcode structure (fix拿學ed or random). The design affects t年鐵he synthesis of barcodes and 朋子the overall cloning strategy emp輛路loyed in library c水報onstruction.
Placement of barc坐飛ode: Carefully considering the placement他員 of barcodes within the genom樹我e or transcript會木ome based on the desired rea腦從dout method. This includes能我 ensuring compatibility with cloni拿從ng strategies and accounting for the do電章wnstream readou畫是t technique, whether it inv錯月olves sequencing genomic服能 DNA or transcript鄉通omic RNA.
圖 2. 一個barcode實驗的流程案例
With viral vector delivery線玩, cell lines of interest are transduc車內ed with the barcodin舊章g libraries at a low multiplici雜新ty of infection (MOI) to label each cel行制l with a unique barcode. The barcoded 章高cell population is then subjec好章ted to selective pressure訊近 until clonal populations emerge. The中上 harvested resistant 靜又clones are pooled, and barcode 暗山sequences are PCR-amplified from geno朋國mic DNA or isolated from tran行長scripts encoding the友電 barcode information for NGS. The NG區跳S data provides a quantitative民吧 readout of the num水他ber of clones i金街n the population and the rel這知ative abundance of each clone.做答
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